Het Goekoopfonds streeft ernaar om tot 2026 jaarlijks circa 10.000 euro te doneren aan projecten die binnen de doelstelling van de stichting passen en die door het bestuur positief beoordeeld zijn. Per project doneert de stichting een bedrag van maximaal 5.000 euro. 

De doelstelling van de stichting is uitgewerkt in een activiteitenprogramma met als specifieke doelen de onderwerpen waarvoor hij een grote voorliefde had:

* Zangtalent

* Onderzoek met betrekking tot Ithaka

* Oudheidkundige musea

* Culturele programmering van de Pieterskerk te Leiden

Cees Goekoop had een bijzondere band met de stad Leiden, waar hij van 16 augustus 1980 tot 1 januari 1999 burgemeester was.